南山寺位于深澳鎮(zhèn)金山腳下，古城之南，地處“獨(dú)鯉朝陽”。

　　相傳清時(shí)寺內(nèi)一和尚，武功絕頂，飛檐走壁，騰空三丈遠(yuǎn)，還能盤腳坐于石景山尖石頂。他把功夫傳授給深澳鎮(zhèn)一富家子弟，教完“八仙醉灑”后就不知所蹤。

　　據(jù)1945年《南澳縣志》載，相傳清初釋寄塵（明寄遺逸而出家）、釋超雪，工詩(shī)善書，分別駐錫過南山寺及其附近金山寺，今兩寺門額各為其遺墨。門聯(lián)：“南島煥新檀德奉獻(xiàn)欣再造，山門仍舊佛光普照顯重靈”。以“南山”為冠首，點(diǎn)明了這門樓的歷經(jīng)1918年地震而幸存的史實(shí)與這次全寺“欣再造”。

　　南山寺創(chuàng)于明(1368-1644)末，由火神爺小廟擴(kuò)建而成。乾隆十三年(1748)重修。1918年正月初二日大地震時(shí)，寺院倒塌殆盡，僅存門樓。震后4年，島上七鶴巖尼師修徹、修解，攜徒來寺，在善信們捐助下，于廢墟上重建，至1927年竣工，艱苦重建成前院房、正廳寶殿、兩側(cè)廂房，使其重光。“文革”中驅(qū)尼廢寺，改為深澳金山村農(nóng)場(chǎng)場(chǎng)址。

　　1978年，政策落實(shí)，釋長(zhǎng)仰攜盲師公釋演證返寺。經(jīng)海內(nèi)外眾善信解囊，總投資400余萬元，重建大雄寶殿（1994年12月4日奠基，至1998年10月竣工），增建食廳、曾舍、祖堂、藥師樓、客堂大樓、天王殿、觀音閣（1990年仲秋竣工）等，新建的大山門樓，坐南向北，高約9米，寬約10米。全寺建筑而積1000余平方米，坐東北向西南，宏大莊嚴(yán)。結(jié)構(gòu)精巧，雕梁畫棟。飛檐翅腳，琉璃煥彩。鐘磬傳聲，佛樂繚繞。花草流芳，令人留連。

　　原住持釋長(zhǎng)仰（1924.7.7——2012.03.30），內(nèi)字超念，生于南澳島云澳鎮(zhèn)澳前鄉(xiāng)，俗姓名林準(zhǔn)得。18歲來南山寺禮釋通英為剃度師長(zhǎng)住寺中。1956年到南華寺受具。“文革”時(shí)雖被迫返俗鄉(xiāng)，仍持素禮佛。“文革”后重興南山寺、金山寺，又捐資修筑水泥路3條。任過縣政協(xié)委員、市佛協(xié)常務(wù)理事、省佛協(xié)理事。

　　寺于1992年8月15日被縣政府公布為縣文物保護(hù)單位，2001年11月9日重建落成開光。 1998午12月被省佛協(xié)評(píng)為“先進(jìn)單位”2000年9月被省佛協(xié)評(píng)為“文明寺院”。